تنوع عظيم و ارزشمند كره ي زمين كه حاصل ميليونها سال تكامل است در حال نابودي است. بنابراين توجه به مسئله ي حفاظت امري ضروري     مي باشد. محدوديت منابع، حفاظت كامل از تنوع زيستي را غيرممكن مي سازد و در نتيجه ناگزير از انتخاب تاكسون ها بوده و بايد بتوانيم الويت بندي كنيم. دانش فيلوژنتيك با بررسي روابط تكاملي ميان تاكسون ها، اولويت هاي حفاظتي آنها را آشكار ميكند. درحقيقت استفاده از توپولوژي   درخت فيلوژنتيك و يا محاسبه تنوع فيلوژنتيك (PD) بسيار متداول گشته و توانسته است در تعيين مناطق حفاظت شده و تاكسون هاي حفاظتي مورد استفاده قرار گيرد. در سالهاي اخير نيز، به طور مكمل الگوريتم ها و نرم افزارهاي جديدي، به تكميل اطلاعات ما كمك نموده اند. مقاله حاضر به كاربرد اين روشها در الويت بندي حفاظت مي پردازد و با ذكر مثال هاي متعدد چگونگي استفاده از روشهاي موجود را تشريح مي نمايد.