روش هاي مولكولي به   به ارتقاي دانش ما در مورد تنوع عظيم پنهان درون گونه ها كمك شايان توجهي نموده است. تلفيق ژنتيك و بوم شناسي مي تواند در زمينه حفاظت و مديريت گونه ها مورد استفاده قرار گيرد. زيربناي ژنتيكي تغيير اقليم در مشخصه هاي اصلي كه تحت تاثير تغييرات اقليمي قرار گرفته اند شامل تنش خشكي و گرما، واكنش به طول دوره روشنايي و ميزان دي اكسيد كربن مورد بررسي قرار گرفته است. ژن هايي كه در گونه هاي مختلف مسئول كنترل بروز اين صفات هستند نظير hps، FLC و period   شناسايي شده اند. محققان با طراحي آزمايشات مختلف در محيط آزمايشگاه، گلخانه و صحرا به بررسي اثرات   در گونه هاي متعدد مي پردازند و تغييرات تكاملي حاصل كه پس از چندين نسل حاصل مي شود را ثبت مي كنند. ابزارهاي ژنتيكي كه از طريق بوم شناسي مولكولي در اختيار محققان قرار دارد در راه شناخت صفات و مباني ژنتيكي مفيد خواهد بود. چنين دانشي مي تواند در پيش بيني پيامد هاي تغيير اقليم مورد استفاده قرار گيرد. ارزيابي حضور يك ژن و پلي مورفيسم آن به سادگي توسط روشهاي ژنتيكي قابل اندازه گيري است. نبود تنوع و چند شكلي در يك ژن محدوديت هاي يك گونه يا جمعيت را در تغيير صفات و سازگاري با شرايط را مشخص مي كند.